Desa Bululaun Hulu pada awalnya merupakan bagian dari komunitas masyarakat Austronesia yang hidup secara berkelompok dalam komunitas rumah panjang (Pahun Mawar). Pada masa tersebut, masyarakat masih hidup secara mandiri dan terpisah antar kelompok serta memiliki kehidupan sosial yang dipengaruhi oleh tradisi dan kebiasaan pada masa itu.

Nama Bululaun Hulu berasal dari nama sebuah tanaman bambu kuning yang tumbuh di sekitar permukiman masyarakat Bululaun Hulu. Tanaman bambu tersebut memiliki ciri khas karena menghasilkan buah berwarna yang muncul setiap tahun. Berdasarkan keberadaan tanaman tersebut, masyarakat kemudian mengambil nama "Bululaun Hulu" sebagai identitas wilayah yang kemudian berkembang menjadi nama kampung dan desa.

Pada masa awal pemerintahan kampung, Desa Bululaun Hulu dipimpin oleh seorang ketua suku bernama Bapak Tulali yang menjabat pada periode 1930–1942. Setelah masa kepemimpinan Bapak Tulali berakhir, kepemimpinan kampung dilanjutkan oleh Bapak Buluhan sebagai ketua kampung pada periode 1942–1986. Selanjutnya, kepemimpinan diteruskan oleh Bapak Sumpoon.

Seiring berjalannya waktu, kehidupan masyarakat Desa Bululaun Hulu mengalami berbagai perubahan, terutama setelah adanya program pemerintah berupa regrouping pada masa kepemimpinan Camat Agung sekitar tahun 1970-an. Pada periode tersebut, sistem pemerintahan desa mulai mengalami perkembangan melalui pengangkatan kepala desa secara langsung. Bapak Sumpoon menjabat sebagai kepala desa selama tiga periode, yaitu sejak tahun 1961 hingga 1986.

Setelah masa kepemimpinan Bapak Sumpoon berakhir, Desa Bululaun Hulu dipimpin oleh Bapak Yampayas melalui proses pemilihan secara langsung atau demokratis dengan masa jabatan 1986–1990. Kemudian, kepemimpinan desa dilanjutkan oleh Bapak Buayo melalui pemilihan demokratis dengan masa jabatan 1990–2009. Setelah itu, Bapak Yusten terpilih sebagai kepala desa melalui pemilihan demokratis dan menjabat pada periode 2009–2020. Selanjutnya, kepemimpinan Desa Bululaun Hulu diteruskan oleh Bapak Frengki.

Memasuki era reformasi, Pemerintah Desa Bululaun Hulu mulai menyusun Rencana Pembangunan Jangka Menengah Desa (RPJMDes) sebagai pedoman pembangunan desa. Penyusunan RPJMDes bertujuan untuk mempermudah pemerintah desa dalam melaksanakan pembangunan guna mewujudkan masyarakat Desa Bululaun Hulu yang sejahtera, makmur, dan mandiri.

Desa Bululaun Hulu merupakan salah satu desa yang berada dalam wilayah administrasi Kecamatan Lumbis Hulu, Kabupaten Nunukan. Pembentukan Kabupaten Nunukan berdasarkan Undang-Undang Nomor 47 Tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Nunukan, Kabupaten Malinau, Kabupaten Kutai Barat, Kabupaten Kutai Timur, dan Kota Bontang sebagaimana tercantum dalam Lembaran Negara Tahun 2000 Nomor 54, Tambahan Lembaran Negara Nomor 3962. Sementara itu, wilayah Kecamatan Lumbis Hulu ditetapkan berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 28 Tahun 2011.

Kepala Desa Bululaun Hulu periode 2021–2026 saat ini merupakan keturunan keenam dalam garis kepemimpinan desa. Data mengenai silsilah keturunan tersebut tersimpan dalam arsip Pemerintah Desa Bululaun Hulu.